疾病管制署(下稱疾管署)4月16日表示，國內COVID-19疫情上週(4/9-4/15)新增196例COVID-19本土確定病例(併發症)，與前一週(4/2-4/8)新增198例相當，累積併發症中65歲以上長者占79%；另上週新增27例死亡病例，與前一週新增28例相當，累計死亡個案中65歲以上長者占90%；近四週變異株監測總計，本土檢出病毒株以JN.1 (96%)為多，其次為BA.2.86 (3%)及EG.5 (1%)，境外檢出病毒株以JN.1 (94%)為多，其次為BA.2.86 (4%)及EG.5 (2%)。

疾管署表示，國內新冠XBB疫苗迄今已累計接種 253.1萬人次，全國接種率 10.65%，65歲以上第1劑接種率 19.32%、第2劑接種率0.14%。目前全國尚餘莫德納XBB疫苗約345.6萬劑、Novavax XBB疫苗約9.9萬劑。目前國內疫情趨緩，惟自去(2023)年9/26新冠XBB疫苗開打以來，本土通報確診併發症及死亡病例中未曾接種新冠XBB疫苗者均占95%(含)以上，且國內本土疫情中65歲以上長者占併發症及死亡個案約8成和9成，為再提升65歲以上長者等高風險族群之免疫保護力，自4/9起開放65歲以上長者、55-64歲原住民、滿6個月以上有免疫不全以及免疫力低下民眾接種第2劑XBB疫苗，截至目前已接種1.2萬人次，鼓勵前述三種族群已接種第1劑XBB疫苗且間隔12週(84天)者，儘速前往接種第2劑，讓防護不過期。接種院所資訊可至疾管署官網「秋冬疫苗專區」( https://gov.tw/eU4 )或至各縣市官網查詢。

疾管署說明，近期類流感疫情呈緩降趨勢且脫離流行期，第15週(4/7-4/13)門急診類流感就診人次為8.6萬人次；近四週社區合約實驗室監測顯示流感病毒以B型為多，與A型H3N2呈共同流行，仍須留意疫情後續變化。疫情監測資料顯示，上週(4/9-4/15)新增26例流感併發重症(16例A型H1N1、4例A型H3N2、6例B型)，年齡介於未滿10歲至90多歲，其中18例未接種流感疫苗；另新增3例死亡(2例A型H1N1、1例A型H3N2)，年齡介於40多歲至80多歲，其中1例未接種流感疫苗。本流感季自去年10/1起截至今年4/15累計731例流感併發重症，年齡層以65歲以上長者為多(占57%)；其中死亡133例，重症病例及死亡個案均有79%(含)以上未接種流感疫苗。

疾管署另表示，截至今(2024)年4/15，國內公費流感疫苗已接種約655.8萬劑，剩餘1.9萬餘劑，請全國6個月以上尚未接種之民眾，儘速至各合約院所接種，以降低重症或死亡之風險；並呼籲民眾除了做好個人衛生及防護外，尚未接種新冠XBB及流感疫苗民眾，也請儘快接種，以提升免疫保護力。